Електронний документообіг між платником податків і контролюючими органами здійснюється відповідно до Податкового кодексу України (ПКУ), а також законів України від 22 травня 2003 року № 851-IV «Про електронні документи та електронний документообіг» та від 05 жовтня 2017 року № 2155-VIII «Про електронну ідентифікацію та електронні довірчі послуги». При цьому укладення окремого договору для такого обміну не вимагається (п. 42.6 ст. 42 ПКУ). Платник стає учасником електронного документообігу вже з моменту надсилання першого електронного документа у встановленому форматі з дотриманням вимог зазначених законів.

Порядок обміну електронними документами визначається центральним органом виконавчої влади, що формує державну фінансову політику (п. 42.6 ст. 42 ПКУ), та регулюється Порядком обміну електронними документами з контролюючими органами, затвердженого наказом Міністерства фінансів України від 06.06.2017 № 557. Відповідно до нього платник створює електронні документи у строки, встановлені законодавством, із зазначенням усіх обов’язкових реквізитів і застосуванням кваліфікованого електронного підпису та, за наявності, печатки.

Після підписання документ шифрується та надсилається до контролюючого органу засобами електронного зв’язку протягом операційного дня. Після отримання документа здійснюється його автоматизована перевірка, яка проводиться в день надходження або не пізніше наступного робочого дня.

Під час такої перевірки контролюючий орган перевіряє дійсність електронного підпису та печатки, правильність їх накладання, відповідність формату документа, наявність обов’язкових реквізитів, а також право підпису.

За результатами перевірки платнику надсилається перша квитанція – протягом двох годин з моменту отримання документа або протягом перших двох годин наступного операційного дня. У ній повідомляється про результати перевірки. Якщо документ не прийнято, зазначаються причини, і друга квитанція вже не формується. Якщо ж перша квитанція не надійшла у встановлений строк, документ вважається неотриманим контролюючим органом.

Друга квитанція формується не пізніше наступного робочого дня після першої і є підтвердженням прийняття (реєстрації) або повідомленням про неприйняття документа. У ній зазначаються всі основні реквізити документа, дата і час його обробки, реєстраційний номер та інформація про підписувачів.

Датою та часом прийняття документа вважаються дата і час, зафіксовані у першій квитанції, за умови отримання другої квитанції про прийняття.

Якщо платник надсилає кілька примірників одного документа (наприклад, через виправлення або відсутність квитанції), оригіналом вважається останній документ, поданий до закінчення граничного строку, за умови, що він прийнятий контролюючим органом, що підтверджується другою квитанцією.