Реєстрація платником єдиного податку є безстроковою. Водночас контролюючий орган може анулювати її шляхом виключення платника з відповідного реєстру у випадках, визначених Податковим кодексом України (ПКУ).

Однією з таких підстав є наявність податкового боргу в розмірі, що перевищує суму, визначену абзацом третім п. 59.1 ст. 59 ПКУ, на кожне перше число місяця протягом двох послідовних кварталів. У такому випадку платник єдиного податку зобов’язаний перейти на сплату інших податків і зборів, визначених ПКУ, в останній день другого з двох послідовних кварталів. При цьому податкова вимога не надсилається, а заходи з погашення та стягнення боргу не застосовуються, якщо його загальна сума не перевищує 180 неоподатковуваних мінімумів доходів громадян.

Податковим боргом вважається сума узгодженого грошового зобов’язання, не сплачена у встановлений ПКУ строк, а також непогашена пеня. Якщо під час перевірки контролюючий орган виявить інші порушення вимог спрощеної системи платником єдиного податку першої-третьої груп, його реєстрацію також може бути анульовано на підставі акта перевірки. У такому разі анулювання проводиться з першого числа місяця, наступного за кварталом, у якому допущено порушення, а повторно обрати або перейти на спрощену систему можна після закінчення чотирьох послідовних кварталів з моменту прийняття відповідного рішення.

Водночас наявність у фізичної особи податкового боргу за податками, за якими контролюючий орган визначив податкові зобов’язання такій особі не як суб’єкту господарювання, не є підставою для анулювання реєстрації платника єдиного податку першої-третьої груп.