Порядок ведення Реєстру неприбуткових установ та організацій, включення до нього та виключення затверджено постановою Кабінету Міністрів України від 13 липня 2016 року № 440 (Порядок).

При зміні організаційно-правової форми неприбуткової організації або внесення змін до її установчих документів (чи документів організації вищого рівня, на підставі яких вона діє відповідно до закону) до контролюючого органу подається реєстраційна заява за формою 1-РН з позначкою «зміни» та копії документів відповідно до п. 6 Порядку. Зробити це потрібно протягом 10 календарних днів з дня державної реєстрації змін, а якщо державна реєстрація не проводиться – протягом 10 календарних днів з моменту виникнення відповідних обставин.

Для включення до Реєстру неприбуткова організація подає заяву за формою 1-РН та засвідчені підписом керівника або представника і скріплені печаткою (за наявності) копії установчих документів. Копії не подаються, якщо установчі документи оприлюднені на порталі електронних сервісів відповідно до Закону України від 15 травня 2003 року № 755-IV. Житлово-будівельні кооперативи додатково подають копії документів, що підтверджують дату прийняття в експлуатацію закінченого будівництвом житлового будинку та факт його спорудження або придбання кооперативом. Організації, які діють на підставі установчих документів організації вищого рівня, подають також копію документа, що підтверджує їх включення до такої організації та право діяти на підставі її установчих документів.

Заяву та документи можна подати особисто керівником, представником або уповноваженою особою, поштою з повідомленням про вручення та описом вкладення, а в електронній формі – засобами електронного зв’язку з дотриманням вимог щодо електронного підпису, якщо установчі документи оприлюднені на порталі електронних сервісів. Також документи можна подати державному реєстратору як додаток до заяви про державну реєстрацію змін до відомостей про юридичну особу, якщо такі зміни впливають на систему оподаткування неприбуткової організації. У цьому випадку відомості передаються до контролюючого органу технічним адміністратором Єдиного державного реєстру. Заява з позначкою «зміни» розглядається відповідно до п. 8 Порядку. Протягом трьох робочих днів з дня отримання заяви та документів або відомостей з ЄДР контролюючий орган приймає рішення та, за відсутності підстав для відмови, вносить до Реєстру відповідний запис про включення (повторне включення) організації та присвоєння або зміну ознаки неприбутковості. Якщо є підстави для відмови у включенні (повторному включенні), присвоєнні (зміні) ознаки неприбутковості або для виключення з Реєстру, приймається відповідне рішення за формою згідно з додатком 2 до Порядку у двох примірниках. Один примірник вручається організації відповідно до ст. 42 Податкового кодексу України. Після усунення недоліків організація може повторно подати документи, не змінюючи положення установчих документів, щодо яких зауважень не було. Повторна заява розглядається протягом трьох робочих днів.