Порядок ведення Реєстру неприбуткових установ та організацій визначено постановою Кабінету Міністрів України від 13 липня 2016 року № 440 (Порядок № 440).

Для включення до Реєстру неприбуткова організація має подати до контролюючого органу реєстраційну заяву за формою № 1-РН. Разом із заявою подаються копії установчих документів, якщо вони не оприлюднені в Єдиному державному реєстрі. Для окремих категорій неприбуткових організацій Порядком № 440 передбачено подання додаткових документів. Зокрема, житлово-будівельні кооперативи подають документи, що підтверджують введення будинку в експлуатацію та його спорудження або придбання, а організації, які діють на підставі установчих документів організації вищого рівня, – документ, що підтверджує їх належність до такої організації.

Подати заяву можна особисто, поштою рекомендованим листом з описом вкладення або в електронній формі із застосуванням кваліфікованого електронного підпису, якщо установчі документи доступні в Єдиному державному реєстрі.

Після отримання документів контролюючий орган протягом трьох робочих днів розглядає заяву та приймає рішення про включення або повторне включення організації до Реєстру, відмову у включенні, зміну ознаки неприбутковості чи виключення з Реєстру.

Підставами для відмови у включенні є лише дві обставини: подання неповного пакета документів або невідповідність організації вимогам пункту 133.4 статті 133 Податкового кодексу України.

Рішення про відмову оформлюється у встановленій формі та надсилається організації відповідно до вимог статті 42 Податкового кодексу України. Якщо документи подавалися через Електронний кабінет або платник обрав електронний спосіб листування з податковими органами, рішення надсилається до Електронного кабінету у вигляді Квитанції № 2. Якщо заяву було подано в паперовій формі і платник не обрав електронне листування, рішення надсилається рекомендованим листом за податковою адресою.

Водночас слід пам'ятати, що у разі неможливості вручення рекомендованого листа через відсутність адресата, його відмову від отримання чи з інших причин, визначених Податковим кодексом України, документ вважається врученим у день, зазначений поштовою службою в повідомленні про вручення із зазначенням причини невручення.

Платник, який отримав рішення в електронній формі, за потреби може звернутися до контролюючого органу та отримати його паперовий примірник. Податковий орган зобов'язаний надати такий документ протягом трьох робочих днів із дня надходження відповідної вимоги.